Сад был основан Петром Первым в 1706 году на тогдашней северной окраине Москвы (за Сухаревой башней): на это место из-под стен Кремля был перенесён огород для выращивания лекарственных растений — отсюда и появилось его название. По легенде Пётр лично посадил в новом огороде три хвойных дерева — ель, пихту и лиственницу — «для наущения граждан в их различии», — из которых последняя жива до сих пор.
Первоначально хозяином огорода был Аптекарский приказ, затем Московский госпиталь, а в конце XVIII века им распоряжалась Московская медико-хирургическая академия.
Для управления огородом приглашались иностранные, преимущественно немецкие специалисты-садовники. Первым директором Аптекарского огорода (в 1735—1742 годах) стал Трауготт Гербер (1710—1743), немецкий врач, доктор медицины и ботаник из Лейпцигского университета, путешественник, в честь которого назван род южноафриканских многолетников Гербера. В штатах «Огорода», кроме двух помощников директора-ботаника, состоял один немецкий огородник, один гезель-огородник (подмастерье, или младший садовник), 15 работников и 6 учеников. Гербер первым стал изучать флору европейской России: занимался сбором дикорастущих лекарственных растений, собирал гербарий местной флоры и в 1736 году составил рукопись первой «Московской флоры» — Flora moscuensis continens circa moscuam sponte nascentes et quae exotica coluntur. Он руководил медико-ботаническими экспедициями, организуемыми в разные районы страны для сбора гербария, образцов трав, корней и семян дикорастущих видов для аптек, а также для посадок и посевов в «огороде». Экспедиции направлялись не только в окрестности Москвы, но и в другие районы страны. Результаты экспедиций отражены им в рукописях «Волжская флора» (1739) и «Донская флора» (1742).
В 1741 году должность доктора-ботаника в саду была сокращена, и следующие 45 лет садом управляли специалисты, не занимавшиеся непосредственно ботаникой: садовники, огородники, провизоры. В 1786 году должность директора, доктора-ботаника была восстановлена, и на это место пригласили доктора медицины, философии и права Фридриха-Христиана Стефана, который одновременно был профессором химии и ботаники в Медико-хирургическом училище. Стефан также вёл интенсивные флористические исследования: им написан ряд ботанических работ, в том числе первая напечатанная «Московская флора» — Enumeratio stirpium agri Mosquensis (1792), содержащая перечень 860 видов с указанием их мест обитания, времени цветения и, изредка, местонахождения.
14 февраля 1796 года решением Государственной Медицинской Коллегии сад был присоединен к училищу, а затем, после образования академии из училища в 1798 году — к Медико-хирургической академии. Директором сада оставался Ф. Х. Стефан.
Последние годы "огород" выполняет больше культурную, нежели ботаническую и фитотерапевтическую функцию, как было задумано в самом его начале. Сделать настоящий "Аптекарский сад", но только ещё и современный, "умный", смарт - задача нашего КФХ.
